高邮四季冬长夏次春秋短，气候属亚热带北纬湿润季风区，具有气候温和、雨量充沛、四季分明、日照充足、无霜期长、冰冻期短等特点，20世纪50年代以前高邮湖常会封冻的现象现已罕见。季风显著，冬季多偏北风，夏季多南风和东南风，常年主导风是东南风。年平均气温为14.6摄氏度。有记载以来，极端最低气温是1955年1月7日的零下18.5摄氏度，极端最高气温是1959年8月24日的38.5摄氏度。近年气温最低为零下6摄氏度，最高为38摄氏度。年平均降雨量为1022毫米，年均日照为2207.92小时，无霜期为217日。全境尤其是运河东岸，标高一般在2米至3.3米之间，土质主要为粘土，土层较厚。运东最高水位3.6米，防洪标准采用百年一遇水位4米。
    高邮地处在生态功能优越的里下河地区。多年来，全市坚持经济发展和生态建设并重的方针，紧紧围绕地方环境特色和优势，以生态工程项目引路，积极探索环境保护与经济建设“双赢”的发展之路。1999年，我市被列为国家级生态示范区试点后，全市投入了大量的人力、物力和财力，设立污染防治基金，实施了12项生态工程和20个典型示范项目，完成了59个水污染治理重点工程，关停取缔了24家“十五小”污染企业，停止市造纸厂制浆生产，全市有49条主要河道得到整治，实施了“蓝天工程”。城区的环境质量有所改观。同时，生态农业、生态工业和生态教育取得了可喜的成绩。列入示范区考核的22项指标全面，有13项还优于一类标准。2002年3月7 日，我市被国家环保总局命名为国家级生态示范区。